a. Inkubator Ciputat, Jakarta
Yang dimaksud dengan inkubator Ciputat ini adalah IAIN Syarif Hidayatullah yang kini menjadi Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah.
Embrio pemikir-pemikir liberal Ciputat identik dengan HMI (KAHMI) yang dimotori oleh Nurkholish Madjid era 70-an, terus berlanjut ke era 80-an, setelah bergelar Doktor dari Chicago bersama inkubator Paramadina yang didirikannya tahun 1986, selain di program Pasca Sarjana IAIN Syahid.
Embrio-embrio yang lain pada era 80-an hingga 90-an bergabung dalam wadah diskusi yang bernama FORMACI (Forum Mahasiswa Ciputat). Tokoh-tokoh
FORMACI antara lain: Budi Munawar Rachman, Saiful Muzani, Ihsan Ali Fauzi, Ahmad Sahal, Fachri Ali, dan sebagainya.
Sementara yang menjadi grand master dari pemuda-pemuda yang liberal ini adalah Rektor IAIN sendiri yaitu Prof. Harun Nasution, Mutazilahnya Indonesia, kader terkemuka Mc. Gill University, Canada[ ]. Dan yang menjadi Founding Fathers-nya adalah Prof.
Munawir Sadjzali, mantan Menteri Agama RI era Soeharto, yang berperan dalam melakukan pertukaran dosen dan pengiriman Mahasiswa/Dosen IAIN ke negaranegara barat, khususnya ke Mc. Gill University di Canada. Pada masanya saja (1983-1993) lebih dari 200 dosen belajar Islam ke Barat.
Selanjutnya pada tahun-tahun 90-an, doctordoktor baru pulang dari Amerika, EROPA dan sedikit dari Timur Tengah seperti Azumardi Azra (sekarang Rektor
UIN), Komaruddin Hidayat (Yayasan Paramadina), Kautsar Azhari Noer (Paramadina), Bachtiar Effendy (PP
Muhammadiyah), Said Aqil al-Munawwar (Menag), Said Aqiel Siradj (PBNU), dll. Orang-orang baru ini semakin menguatkan barisan Ciputat.
b. Inkubator Sapen, Yogyakarta
Tepatnya inkubator ini terletak di desa Sapen di komplek IAIN SUKA (Sunan Kalijaga) dengan Rektornya Prof. Mukhti Ali yang pernah menjadi Menteri Agama. Mukhti
Ali merupakan seorang tokoh pendiri gerakan antar agama di Indonesia, dengan mendirikan jurusan perbandingan agama dalam Fakultas Ushuluddin IAIN. Mukhti Ali juga memiliki kelompok diskusi yang dikenal dengan Limited Groups Discussion, yang beranggotakan: Djohan Effendy, Masdar F. Masudi, Ahmad Wahib, M.
Dawam Raharjo, M. Amien Rais, Kuntowijoyo, Syafii Maarif, dll.
Setelah itu alumni Limited Groups ini aktif di LSM-
LSM di Jakarta, Masdar di LP3M dan kini menggantikan posisi Hasyim Muzadi di PBNU, Dawam pernah di LP3ES, LESFI dan pernah menjadi Rektor UNISMA Bekasi, sementara Djohan pernah di Litbang Depag, penah menjadi Mensesneg era Gus Dur dan sekarang menjadi Ketua di Indonesian Conference Religion and Peace (ICRP) (Dia anggota aliran sesat Ahmadiyyah), sementara Syafii kini menjadi Ketua Umum PP Muhammadiyyah dan Pendiri Maarif Institute yang menjadi inkubator bagi virus JIMM (Jaringan Intelektual Muda Muhammadiyyah).
Sejak 2002 inkubator Sapen dipimpin oleh Prof. Amin Abdullah (Ketua Majlis Tarjih PP Muhammadiyyah) dan didukung oleh Abdul Munir Mulkhan (Ketua Program Studi Agama dan Filsafat PPs IAIN, Sosiolog), Musa Asyarie (Derektur PPs IAIN SUKA), dll.
