Memandangkan lebih kurang 60 peratus daripada 26,206 banduan warganegara Malaysia (sehingga 4 September 2006) di negara ini beragama Islam, pelbagai program agama dijalankan sebagai sebahagian daripada proses pemulihan.
Apabila ada pendaftaran baru banduan Islam, dua atau tiga orang pegawai dari Unit Agama Islam akan membuat temu duga untuk menguji tahap kefahaman agama masing-masing. Proses tersebut adalah rutin untuk memastikan semua banduan beragama Islam yang dipenjarakan dapat mengikuti program agama. Antara soalan yang akan diajukan, termasuk rukun iman dan dua kalimah syahadah.
Bagi banduan yang pertama kali menjejakkan kaki ke penjara, bilangan yang tidak mempunyai asas pendidikan agama termasuk mengucap dua kalimah syahadah ternyata lebih ramai. Banduan-banduan tersebut dimasukkan ke kelas pemulihan mengikut peringkat pengetahuan asas mereka.
Menurut beliau, kebanyakan banduan Islam yang masuk penjara bukan sahaja kurang asas agama, malah berpendidikan setakat darjah enam atau menengah rendah. Terdapat 12 pegawai penjara yang mempunyai latar belakang pendidikan agama.
Banduan juga akan melalui fasa orientasi yang akan berjalan selama tiga bulan dan disusuli program-program lain seperti kaunseling. Semasa orientasi ini dijalankan, pegawai-pegawai agama akan memerhatikan banduan yang berkebolehan dalam bidang agama dan berminat untuk diserapkan ke dalam program agama yang berikutnya yang dikenali sebagai Program Halaqah.
Banduan Islam yang terpilih akan menyertai Program Halaqah yang memakan masa antara enam bulan hingga setahun. Selepas enam bulan, akan diadakan peperiksaan dan markah akan diberi. Mereka yang layak akan dihantar ke blokblok untuk membimbing banduan-banduan lain dalam perkara seperti sembahyang, sembahyang berjemaah dan zikir dengan pemantauan pembantu guru agama yang ada. Yang tidak lulus akan menyambung pengajian mereka selama enam bulan lagi. Bagi banduan beragama Islam yang bekerja, mereka masih boleh mengikuti kelas agama di sebelah petang.
Pihak Penjara menyediakan program pembangunan insan khusus untuk pesalah-pesalah seksual termasuk yang melakukan sumbang mahram. Program berkenaan, katanya adalah untuk tempoh setahun dan banduan akan diasingkan dalam satu kelas dan antara yang diajar termasuk pengurusan stress atau tekanan dan kekeluargaan
Islam.
Banduan Islam juga berpeluang menyertai Program Bimbingan Kaunseling Islam. Pakar-pakar dari luar akan diundang untuk memberikan bimbingan, kaunseling dan muhasabah diri. Di samping itu, program hari kebesaran Islam seperti Isra dan Mikraj, Maulidul Rasul, Unit Agama Islam juga mengadakan program Ihya Ramadan yang akan dipenuhi dengan tadarus al-Quran sepanjang bulan tersebut.
Program khatam al-Quran dan program berbuka puasa banduan bersama Pengarah Penjara akan diadakan pada minggu terakhir bulan Ramadan. Ini adalah acara tahunan. Banduan yang berjaya khatam al-Quran akan diberikan hadiah sagu hati berbentuk makanan. Solat hari raya berjemaah juga dilaksanakan setiap tahun.
Unit Agama juga mengadakan Program Korban Banduan di mana tujuh orang banduan yang bekerja dan berkemampuan berkongsi untuk mengadakan korban seekor lembu. Bilangan korban mungkin ditambah untuk tahun-tahun berikutnya bergantung pada bilangan banduan yang berminat.
Banduan yang bekerja dan mempunyai wang pendapatan juga membayar zakat fitrah dan sekitar kira-kira 300 banduan telah berbuat demikian. Mereka mempunyai bakat dan kemahiran dalam bacaan alQuran, malah ada yang boleh berzanji lebih baik daripada orang di luar. Bagi banduan yang inginkan ilmu, memang banyak yang mereka boleh belajar di penjara, daripada tidak tahu menjadi tahu banyak. Ada juga yang boleh menghafaz al-Quran.
